Согласно архивным документам приходской храм Всемилостивого Спаса – Происхождения Честных Древ Животворящего Креста Господня в селе Кусково впервые упоминается в 1510 году. В его ансамбль также входили колокольня и церковный флигель. Что касается земли, то при Храме было всего 33 десятин «земли сеи находятся в бесспорном владении причта». Из них, «около семи десятин» даны в аренду под усадьбу Шереметевых. Все владельцы усадьбы исправно платили ругу (арендную плату).

В 1737-1739 годах граф Петр Борисович Шереметев по благословению Святейшего Синода перестроил приходской храм Всемилостивого Спаса с деревянного трехпрестольного на каменный однопрестольный.

Храм имел богатое внутреннее убранство, в том числе был украшен уникальным резным иконостасом с драгоценными камнями и жемчугом.

С 1739 г. и до 30-х годов ХХ столетия Храм оставался приходским. В нем совершали такие выдающиеся личности, как святитель Филарет (Дроздов), святитель Иннокентий (Вениаминов), просветитель алеутов и Сибири, святитель Макарий (Невский), а также преосвященнейший Анастасий (Грибановский).

При Храме Происхождения Честных Древ Животворящего Креста Господня в селе Кусково погребены выдающиеся духовники и благочинные (духовник благочиния ‑ протоиерей Боголепов Илия Иоакимович, который умер 6 февраля 1909 г., на 86 г., священствовал 60 лет, при храме с. Кускова 38 лет; духовник благочиния ‑ священник церкви с. Кускова Симеон Ильин, который умер в 1823 г. и другие).

История указанных храмов тесно связана с царствующим домом Романовых. Посещая усадьбу Шереметевых, в храме Всемилостивого Спаса в Кускове молились царственные особы, среди них: императрицы Елизавета Петровна и Екатерина II, император Александр III с царицей Марией Федоровной и наследником – будущим императором Николаем Александровичем, император Николай II с наследником.

Имеются сведения о том, что императрица Елизавета Петровна, имевшая в соседнем Перово имение, собственноручно вышивала воздухи и покровцы для храма Всемилостивого Спаса в Кускове.

В Храме также молились генерал губернатор города Москвы великий князь Сергей Александрович с великой княгиней Елизаветой Федоровной.

Вскоре после революции усадьба Шереметевых была национализирована и в ней организован музей. В его ведение был передан закрытый в 1930 году храм Всемилостивого Спаса в Кускове.

 

Во времена СССР Храм использовался как вспомогательное помещение для нужд музея.

В 1991 году для посетителей музея приходской храм Всемилостивого Спаса в Кускове был открыт как «домовая церковь усадьбы Кусково».

В 1992 году указом Святейшего Патриарха Московского и всея Руси Алексия II исполняющим обязанности настоятеля вновь открывшегося храма Всемилостивого Спаса в Кускове был назначен иерей Игорь Чехарин, и в этом же году была зарегистрирована местная религиозная организация Православный Приход Храма Происхождения Честных Древ Животворящего Креста Господня в Кускове г. Москвы.

14 августа 1998 года епископ Орехово-Зуевский Алексий (Фролов) совершил чин малого освящения Храма. Вместе с тем Храм оставался в ведении музея, в связи с чем, совершать регулярные богослужения не представлялось возможным.

11 июля 2000 года Храм осиротел. Случилась страшная трагедия. Был убит настоятель Храма иерей Игорь Чехарин.

В ноябре 2000 года Патриархом Московскими всея Руси Алексием II настоятелем храма Всемилостивого Спаса в Кускове был назначен митрофорный протоиерей Борис Токарев с поручением забот по совершению регулярных богослужений и треб в означенном храме.

С ноября 2000 года в приходском храме Всемилостивого Спаса – Происхождения Честных Древ Животворящего Креста Господня началось совершение регулярных богослужений и треб.

С Божьей помощью и трудами настоятеля 7 декабря 2010 года Храм был передан в лоно Русской Православной Церкви.

Впервые за 80 лет в 2011 году в храме Всемилостивого Спаса в Кускове епископом Александром (Агриковым) была совершена Литургия Преждеосвященных Даров.

Ежегодно с 2013 по 2017 годы на престольный праздник Храма правящий архиерей епископ Орехово-Зуевский Пантелеимон (Шатов) совершал Божественную Литургию.

Ему сослужил настоятель храма, протоиерей Борис Токарев. После Литургии епископ Пантелеимон с клириками и прихожанами храма совершил Крестный ход и чин освящения нового урожая мёда.

По традиции Храма на престольный праздник, а также на великие и местночтимые праздники после Крестного хода в небо выпускаются голуби.

Необходимо отметить, что согласно архивным справкам, приходу храма Происхождения Честных Древ Животворящего Креста Господня также принадлежали: храм в честь Чуда Архистратига Божьего Михаила в Хонех (святитель Филарет Дроздов утвердил статус храма как приходской), храм св. Первоверховных апп. Петра и Павла, колокольня и церковный флигель.

В настоящее время Приходом проводится работа по передаче вышеперечисленных храмов и церковных зданий в лоно Русской Православной Церкви.